O ano de 1935, o centésimo aniversário da visita de Darwin, foi uma espécie de ponto de viragem na história das Galápagos, pois o governo equatoriano decretou partes das ilhas como reservas de vida selvagem. Quatro séculos de presença humana tinham tido um efeito adverso na sua fauna única. Três das 14 raças de tartarugas desapareceram para sempre e as populações de outras foram muito reduzidas (resta um único indivíduo da raça Pinta). O rato de arroz nativo, um dos poucos mamíferos indigenas das Galápagos (duas espécies de ratos nativos e uma espécie de morcego), já estava extinto em muitas ilhas. As plantas introduzidas nas ilhas colonizadas estavam a substituir as espécies nativas únicas. Cabras selvagens, como as libertadas pelo Capitão Porter, juntamente com porcos, burros e gado, estavam a desfolhar algumas ilhas. Os ratos introduzidos e os gatos, cães e porcos selvagens comiam os ovos ou as crias das aves e répteis nativos. Embora nada tenha sido feito para fazer cumprir o decreto, muito menos para reverter os danos, e embora os animais selvagens e outros problemas viessem a se agravar no futuro, o decreto representou pelo menos a constatação e o reconhecimento oficial de que havia algo que valia a pena preservar nas Galápagos.
Várias expedições científicas no início deste século soaram o alarme da matança da tartaruga gigante e do perigo de seu desaparecimento. Os eventos da incorporação das ilhas ao Equador (1832) e da visita de Charles Darwin (1835) foram as ocasiões em que o governo equatoriano tomou medidas para a conservação dos animais. Em 1936, as ilhas foram declaradas Reserva Nacional com regulamentos mais rigorosos. Finalmente, em 1954, foi iniciado um movimento para proteger as espécies das Galápagos e para fundar um centro de investigações científicas nas ilhas. O governo equatoriano declarou as Ilhas Galápagos como Parque Nacional em 4 de julho de 1959.
Em 1959, precisamente cem anos após a publicação da Origem das Espécies de Darwin, o Equador declarou as ilhas como o seu primeiro parque nacional, preservando todas as terras que ainda não tinham sido colonizadas para protecção. Cinco anos mais tarde, a Estação de Investigação Charles Darwin foi inaugurada nos arredores de Puerto Ayora, em Santa Cruz. Trabalhando com o Gabinete do Parque Nacional, a estação realiza investigação e determina linhas de acção para proteger as ilhas. O Gabinete do Parque implementa então muitas destas políticas, construindo e marcando trilhos para os locais de visita, bem como regulando os barcos e as limitações dos visitantes.
A 8 de Setembro de 1978, a UNESCO declarou as Galápagos como Património Natural pelo seu prestígio científico e para apoiar os esforços de conservação do Parque Nacional. O Secretário Geral visitou as ilhas em 1984 para proclamá-lo ele mesmo.
Em 12 de Agosto de 1998, o Príncipe Felipe de Espanha chegou às Ilhas Galápagos para inaugurar o Centro de Interpretação na Ilha de San Cristobal. O centro centra-se principalmente na interacção entre as populações humanas e os processos do chamado "laboratório de História Natural", mostrando que uma relação harmoniosa entre o homem e a natureza é possível se for empreendida de forma correcta. Os ecrãs interactivos reforçam a interpretação. O centro está dividido em vários pavilhões, cada um com o seu próprio tema: geologia, evolução, história humana e problemas actuais e as suas soluções, entre outros. A sua viagem e a sua compreensão de Galápagos estariam incompletas se não visitasse o Centro de Interpretação
O turismo em Galápagos tem crescido consideravelmente nas últimas décadas. Dos 4.000 visitantes em 1970, o número de turistas cresceu para cerca de 60.000 por ano. Naturalmente, à medida que o número de visitantes aumenta, o impacto na preservação das ilhas torna-se maior.
