Em 1959, precisamente cem anos após a publicação de A Origem das Espécies de Darwin, o Equador declarou as ilhas como o seu primeiro parque nacional, preservando todas as terras que ainda não tinham sido colonizadas para protecção. Cinco anos mais tarde, foi inaugurada a Estação de Investigação Charles Darwin, nos arredores de Puerto Ayora, em Santa Cruz. Trabalhando com o Gabinete do Parque Nacional, a estação realiza investigação e determina linhas de acção para proteger as ilhas. O Gabinete do Parque implementa então muitas destas políticas, construindo e marcando trilhos para os locais de visita, bem como regulando os barcos e as limitações dos visitantes.
