Nem todos os visitantes das Galápagos chegaram por acaso. Muitos usaram as ilhas como estações de passagem e portos de escala.
A fabulosa riqueza do crescente Império Espanhol chamou a atenção dos rivais europeus de Espanha, que queriam limitar o poder espanhol e apoderar-se de parte da riqueza para si próprios.
Durante a longa hostilidade entre a Marinha Inglesa e a Armada Espanhola, os ingleses deram uma espécie de apoio aos bucaneiros que saqueavam os portos latino-americanos e se apoderavam dos galeões, não os perseguindo.
As Galápagos situam-se perto da rota entre o Império Inca conquistado nos Andes e no Panamá e a Nova Espanha (México), o centro da actividade espanhola no Novo Mundo. Esses piratas usavam as ilhas desabitadas como base e refúgio após os ataques. Estabelecendo portos (como a Buccaneer Cove, na ilha de Santiago), consideravam as ilhas úteis para obter ocasionalmente água fresca e para se abastecerem de alimentos frescos. Ao descobrirem que as tartarugas gigantes podiam ser empilhadas de cabeça para baixo e viver até um ano sem comida, muitos navios que passavam desembarcaram para recolher os destemidos animais para comer durante as viagens. Um bucaneiro inglês, William Ambrose Cowley, elaborou as primeiras cartas de navegação básicas em 1684. Tal como outros bucaneiros, baptizou muitas das ilhas com nomes da realeza inglesa - James, Albemarle, etc. Ao longo dos anos, mergulhadores têm ocasionalmente encontrado evidências de bucaneiros nas Galápagos, como grandes jarros encontrados. Mergulhe e poderá descobrir os preciosos cofres de um galeão!
