No que diz respeito às massas de terra, as Ilhas Galápagos não são muito antigas. Há pouco mais de quatro milhões de anos, havia oceano aberto no local onde se encontram actualmente, no equador, a cerca de 600 milhas a oeste do Equador. Mas a actividade vulcânica submarina construiu lentamente o conjunto de ilhas que Darwin visitou em 1835. De facto, foi Darwin quem primeiro reconheceu a sua origem vulcânica e quem compreendeu as profundas implicações desta origem para a história da vida. Porque, se as ilhas eram vulcânicas, devem ter-se formado após a criação do mundo, e os organismos que nelas vivem devem ter migrado para lá vindos de outro lugar. Mas como esses organismos não se encontram em mais lado nenhum, Darwin teve finalmente de concluir que tinham evoluído a partir de antepassados sul-americanos.
Após a visita de Darwin, e até ao presente século, a origem das ilhas tem sido objecto de controvérsia. Muitos pensavam que, em tempos, tinham feito parte do continente ou que estavam ligadas a ele por uma ponte terrestre. No entanto, Darwin acabou por ser justificado; estas ilhas tiveram uma origem vulcânica separada do continente e nunca estiveram ligadas a ele.
